我和老板的故事有点多，现在要扣除工资有点不理解

你提到被扣除的工资可能超过了当月工资的20%，这违反了《工资支付暂行规定》第十六条。该规定明确指出，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。如果确实存在超额扣除的情况，你有权要求用人单位进行说明并补发工资差额，必要时可通过劳动争议仲裁或诉讼途径维护自身权益。
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除了因经济损失被扣工资，用人单位在以下情况下也可能扣工资：
1. 劳动者未履行劳动合同约定的义务，如未按规定时间上下班、未完成任务等。
2. 劳动者违反了用人单位的规章制度，如违反公司纪律、未遵守操作规程等。
但无论哪种情况，扣除的工资都应符合《工资支付暂行规定》的相关要求。
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为确保工资权益，你可：
1. 保留好工资条、劳动合同等关键证据。
2. 及时了解并熟悉《工资支付暂行规定》等相关法律法规。
3. 在遇到工资问题时，先与用人单位沟通协商，无果时可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。